samtools直接查看bam文件

SAM和BAM是序列比对之后常用的输出格式，比如tophat输出BAM格式，bowtie和bwa等都采用了SAM格式。BAM格式其实就是SAM格式的二进制格式，占用存储空间更小。samtools由中国学者开发，专门用于sam/bam格式文件的各种操作。

1）查看BAM/SAM格式文件

samtools view [‐bhuHS] [‐t in.refList] [‐o output] [‐f reqFlag] [‐F skipFlag] [‐q minMapQ] [‐l library] [‐r read‐Group] <in.bam>|<in.sam>

     -b 以BAM格式输出，可以用于samtools的后续分析

     -u 以未压缩的BAM格式输出，可以节约时间，一般在管道执行时使用

     -h 在结果中包含头header
     -H 只输出k开头

samtools view -h 文件名 |less -S 

参考网页 http://www.htslib.org/doc/samtools.html
http://www.htslib.org/doc/samools-view.html